家畜保健衛生所（かちくほけんえいせいじょ、略称：家保〔かほ〕）とは、家畜衛生全般の向上を通して食の安全の確保や畜産業の発展を支える公的機関の一つであり、家畜保健衛生所法に基づく都道府県の必置機関である。
庶務や経理などを担当する事務職員及び所内での検査のみに従事する検査専門の職員もいるが、主な職員は所長を含めた「家畜防疫員」と呼ばれる職員である。家畜防疫員は都道府県知事より、その都道府県職員の中で獣医師免許を持つ者から任命される。
近年、全国的に畜産農家の戸数及び家畜の飼養頭羽数が減少の一途をたどっていること、公的機関でありながら従来業務で畜産農家以外を殆ど対象にして来なかったことなどもあって、世間一般における認知度は決して高いものとは言えず、一般市民からは現在でも、人の保健所や野犬捕獲等を行なう動物愛護施設と間違われる事が多い。
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しかし動物の病気を診断する地方公的機関が他に存在しないこと、日本国内でもBSEや高病原性鳥インフルエンザが発生した関係で、家畜だけでなく野生動物、更には学校や動物園で飼育されている動物まで含めた検査業務（ただし、本来業務ではない）の依頼が急増しており、野鳥の大量死などが発生した際にも注目を集めるようになっている。